殺菌鍋可以使用多種不同的殺菌鍋系統，對密封包裝在容器內無菌的食品，操作殺菌鍋的時候，也會有不同的控制模式，殺菌鍋的控制模式如下：
 

　　1、手動控制：殺菌鍋所有閥門和泵都是手動控制，包括加水、升溫、保溫和降溫。
 

　　2、電腦自動控制型：殺菌鍋整個過程由PLC和觸摸屏控制，殺菌過程可存儲。操作人員只需按下啟動按鈕，滅菌后自動報警，控溫精度可達0.1°。
 

　　3、電氣半自動控制型：壓力由電接觸壓力表控制，溫度由傳感器和進口溫控器控制，冷卻過程由人工操作。